起源、生态、行为，为何对其他生物有敌意，至今一切是个谜。历史中存在传言或设定，认为深海栖舰是至今为止被击沉的舰娘、舰船的怨灵。其包含从驱逐舰到战舰、空母、重雷装航空战列巡洋舰的各种类型；似乎舰船等级或排水量越高，其外观就与舰娘越接近。除了浮游要塞和鬼姬以外，每种舰都有各自的强化版，以眼睛及灵气的红、黄、蓝色进行区别。至于为什么会出没和攻击人类，一切都有待挖掘和证实。
普通的深海栖舰，是照伊吕波歌（（日文）いろは歌）的顺序命名。其武器的口径，则以英寸为单位表示。
伊吕波歌：イロハニホヘト、チリヌルヲ、ワカヨタレソ、ツネナラム、ウヰノオクヤマ、ケフコエテ、アサキユメミシ、ヱヒモセス
鬼舰与姬舰
舰种标记为：【鬼】、【战鬼】、【姬】、【战姬】、【水鬼】的深海栖舰。在本世界中属于Boss级的存在，拥有着完全接近于人类的外表（某提督艹船理由）但是却有着别样的魅力……