黄蓉被父亲拉进屋内，临别时要和郭靖说一句话，也是不得其便，十分恼怒伤心，回到自己房中，关上了门，放声大哭。黄药师盛怒之下将郭靖赶走，这时知他已陷入死地，心中对女儿颇感歉仄，想去安慰她几句，但连敲了几次门，黄蓉不理不睬，尽不开门，到了晚饭时分，也不出来吃饭。黄药师命仆人将饭送去，却被她连菜带碗摔在地下，还将哑仆踢了几个筋斗。黄蓉心想：“爹爹说得出做得到，靖哥哥若是再来桃花岛，定会被他打死。我如偷出岛去寻他，留着爹孤零零一人，岂不寂寞难过？”左思右想，柔肠百结。数月之前，黄药师骂了她一场，她想也不想的就逃出岛去，后来再与父亲见面，见他鬓边白发骤增，数月之间犹如老了十年，心下甚是难过，发誓以后再不令老父伤心，哪知此刻又遇上了这等为难之事。她伏在床上哭了一场，心想：“若是妈妈在世，必能给我做主，哪会让我如此受苦？”一想到母亲，便起身出房，走到厅上。桃花岛上房屋的门户有如虚设，若无风雨，大门日夜洞开。黄蓉走出门外，繁星在天，花香沉沉，心想：“靖哥哥这时早已在数十里之外了。不知何日再得重见。”叹了一口气，举袖抹抹眼泪，走入花树深处。
傍花拂叶，来到母亲墓前。佳木葱笼，异卉烂缦，那墓前四时鲜花常开，每本都是黄药师精选的天下名种，溶溶月色之下，各自分香吐艳。黄蓉将墓碑向左推了三下，又向右推三下，然后用力向前扳动，墓碑缓缓移开，露出一条石砌的地道，她走入地道，转了三个弯，又开了机括，打开一道石门，进入墓中圹室，亮火折把母亲灵前的琉璃灯点着了。她独处地下斗室，望着父亲手绘的亡母遗像，心中思潮起伏：“我从来没见过妈，我死了之后，是不是能见到她呢？她是不是还像画上这么年轻、这么美丽？她现下却在哪里？在天上，在地府，还是就在这圹室之中？我永远在这里陪着妈妈算了。”圹室中壁间案头尽是古物珍玩、名画法书，没一件不是价值连城的精品。黄药师当年纵横湖海，不论是皇宫内院、巨宦富室，还是大盗山寨之中，只要有甚么奇珍异宝，他不是明抢硬索，就是暗偷潜盗，必当取到手中方罢。他武功既强，眼力又高，搜罗的奇珍异宝不计其数，这时都供在亡妻的圹室之中。黄蓉见那些明珠美玉、翡翠玛瑙之属在灯光下发出淡淡光芒，心想：“这些珍宝虽无知觉，却是历千百年而不朽。今日我在这里看着它们，将来我身子化为尘土，珍珠宝玉却仍然好好的留在人间。世上之物，是不是愈有灵性，愈不长久？只因为我妈妈绝顶聪明，是以只活到二十岁就亡故了么？”望着母亲的画像怔怔的出了一会神，吹熄灯火，走到毡帷后母亲的玉棺之旁，抚摸了一阵，坐在地下，靠着玉棺，心中自怜自伤，似乎是倚偎在母亲身上，有了些依靠。这日大喜大愁之余，到此时已疲累不堪，过不多时，竟自沉沉睡去。她在睡梦之中忽觉是到了北京赵王府中，正在独斗群雄，却在塞北道上与郭靖邂逅相遇，刚说了几句话，忽尔见到了母亲，要想极目看她容颜，却总是瞧不明白。忽然之间，母亲向天空飞去，自己在地下急追，只见母亲渐飞渐高，心中惶急，忽然父亲的声音响了起来，是在叫着母亲的名字，这声音愈来愈是明晰。黄蓉从梦中醒来，却听得父亲的声音还是隔着毡帷在喃喃说话。她一定神间，才知并非做梦，父亲也已来到了圹室之中。她幼小之时，父亲常抱着她来到母亲灵前，絮絮述说父女俩的生活琐事，近年来虽较少来，但这时听到父亲声音，却也不以为怪。她正与父亲赌气，不肯出去叫他，要等他走了方才出去，只听父亲说道：“我向你许过心愿，要找了《九阴真经》来，烧了给你，好让你在天之灵知道，当年你苦思不得的经文到底是写着些甚么。一十五年来始终无法可施，直到今日，才完了这番心愿。”黄蓉大奇：“爹爹从何处得了《九阴真经》？”只听他又道：“我却不是故意要杀你女婿，这是他们自己强要坐那艘船的。”黄蓉猛吃一惊：“妈妈的女婿？难道是说靖哥哥？坐了那船便怎样？”当下凝神倾听，黄药师却反来复去述说妻子逝世之后，自己是怎样的孤寂难受。黄蓉听父亲吐露真情，不禁凄然，心想：“靖哥哥和我都是十多岁的孩子，两情坚贞，将来何患无重见之日？我总是不离开爹爹的了。”正想到此处，却听父亲说道：“老顽童把真经上下卷都用掌力毁了，我只道许给你的心愿再无得偿之日，哪知鬼使神差，他坚要乘坐我造来和你相会的花船……”黄蓉心想：“每次我要到那船上去玩，爹爹总是厉色不许，怎么是他造来和妈妈相会的？”
原来黄药师对妻子情深意重，兼之爱妻为他而死，当时一意便要以死相殉。他自知武功深湛，上吊服毒，一时都不得便死，死了之后，尸身又不免受岛上哑仆糟蹋，于是去大陆捕拿造船巧匠，打造了这艘花船。这船的龙骨和寻常船只无异，但船底木材却并非用铁钉钉结，而是以生胶绳索胶缠在一起，泊在港中之时固是一艘极为华丽的花船，但如驶入大海，给浪涛一打，必致沉没。他本拟将妻子遗体放入船中，驾船出海，当波涌舟碎之际，按玉箫吹起《碧海潮生曲》，与妻子一齐葬身万丈洪涛之中，如此潇洒倜傥以终此一生，方不辱没了当世武学大宗匠的身分，但每次临到出海，总是既不忍携女同行，又不忍将她抛下不顾，终于造了墓室，先将妻子的棺木厝下。这艘船却是每年油漆，历时常新。要待女儿长大，有了妥善归宿，再行此事。
黄蓉不明其中原由，听了父亲的话茫然不解，只听他又道：“老顽童将《九阴真经》背得滚瓜烂熟，姓郭的小子也背得一丝不错，我将这两人沉入大海，正如焚烧两部活的真经一般，你在天之灵，那也可以心安了。只是洪老叫化平白无端的陪送了老命，未免太冤。我在一日之中，为了你而杀死三个高手，偿了当日许你之愿，他日重逢，你必会说你丈夫言出必践，对爱妻答允下之事，可没一件不做。哈哈！”黄蓉只听得毛骨悚然，一股凉意从心底直冒上来。她虽不明端的，但料知花船中必定安排着极奇妙极毒辣的机关，她素知父亲之能，只怕郭靖等三人这时都已遭了毒手，心中又惊又痛，立时就要抢出去求父亲搭救三人性命，只是吓得脚都软了，一时不能举步，口中也叫不出声来。只听得父亲凄然长笑，似歌似哭，出了墓道。